Hitman Agente 47 sigue a un asesino de élite que fue manipulado genéticamente desde el día de su nacimiento hasta llegar a ser una perfecta máquina de matar. Este hombre el cual es conocido por los dos últimos dígitos del código de barras que lleva tatuado en la parte posterior de su cuello. Su objetivo es acabar con una gran corporación que planea desvelar los secretos de su organización secreta y decide trabajar en conjunto con una joven que ayudara en la nueva misión.