Thomas y sus amigos están juntos de nuevo para enfrentarse a una nueva aventura, la cual los lleva a una isla en esta ocasión, la isla de Sodor, en la cual va a suceder una tormenta catastrófica, de esas que lo deja todo destrozado.
El agua lo mueve todo, y entre lo que desplaza está la tierra. Es por eso que en la isla quedan al descubierto unas huellas de lo más extraño, que tanto Thomas como Percy. A ambos les intrigan mucho las huellas, de manera que deciden comenzar a investigar.
A partir de aquí, Thomas y Percy se van a enfrentar a muchos peligros, los cuales aparecen donde menos se los espera. Por ello, todos tendrán que permanecer unidos puesto que el grupo unido siempre tiene más fuerza que separado.
La aventura les servirá para saber lo que de verdad es la valentía, ya que hasta que no han empezado esta aventura ninguno de los amigos lo sabe de verdad.