Tres Idiotas es una película que hace una fuerte crítica a los métodos de enseñanza utilizados generalmente por el sistema educativo mundial, en donde se da mas importancia a los métodos convencionales, de los cuales es principal caracteristica es la presión. La pelicula nos enseña que todos somos buenos estudiantes si estudiamos algo que nos apasione y que si hay algo que nos apasiona y no lo podemos hacer es porque tenemos miedo.
La historia se desarrolla en un instituto de ingenieria, catalogado como uno de los mas prestigiosos de la India, con los maestros mas calificados y administrado por un estricto director al cual le apodaban VIrus.
El personaje principal llamado Rancho, logra enseñar a sus dos amigos Raju y Farhan el verdadero significado de la amistad y lo mucho que esta influye en la vida de los individuos, les enseñó a buscar sus verdaderos sueños, a pensar que todo esta bien "all is well" y que es necesario ser muy bueno en lo que se hace, porque cuando se es muy bueno en algo el éxito es quien nos persigue y no nosotros a él.
Durante su estadía en el Instituto Rancho era uno de esos estudiantes poco convencionales, generalmente criticaba los metodos de enseñanza de sus profesores y de aprendizaje de sus compañeros, anteponiendo siempre el gusto y la curiosidad por saber algo y no la obligación ni la competencia, razón por la cual pasaba la mayor parte del tiempo fuera de sus clases, teniendo que colarse en cualquier clase de cualquier nivel, el todo era aprender algo nuevo. Sin embargo, las calificaciones de Rancho era tan buenas que le permitieron ocupar siempre el primer lugar, sin importar cuanto lo odiaran sus maestros y el director.

A pesar de eso, VIrus siempre consideró que Rancho era una mala influencia para sus amigos Raju y Farhan, por sus pensamientos tan contradictorios con la filosofía del instituto y de sus cuadriculados profesores, por lo cual intentó alejarlos siempre de él, acudiendo incluso a sus padres para que apartaran a Rancho de la vida de sus hijos.
Pero Virus no sólo tenía una razón para odiar a Rancho, sino que además tenía que soportar que una de sus hijas estuviera enamorada de él, llegando incluso a ponerse en contra suya algunas veces para defender a rancho o a alguno de sus amigos. Finalmente, despues de cinco años llega un día en que Virus aprende la lección y reconoce que Rancho es un estudiante excelente, razón por la cual le regala la pluma de la excelencia, aquella hecha para ser usada por los astronautas en gravedad cero, la que siempre mostraba a sus alumnos en el discurso de iniciación, diciendo que aún estaba esperando a un estudiante excelente que pudiera merecerla.
Despues de algún tiempo de haber dejado el instituto los amigos se distancian y pasan toda una odisea para encontrar a Rancho, al cual finalmente hallan convertido en un gran cientifico, en una escuela fundada por él, en donde guíaba a los niños para que hicieran sus propias creaciones.